Este artículo analiza las diferencias en la evolución de la productividad industrial entre sectores y regiones de la industria colombiana en las últimas dos décadas, a partir de la eficiencia técnica predicha vía estimación de fronteras estocásticas de producción time varyin. Los resultados evidencian una alta heterogeneidad individual, con un fortalecimiento industrial de las principales ciudades y una profundización en el rezago del resto. El análisis de descomposición de varianza de la eficiencia técnica identificó una correlación positiva entre cambios en la eficiencia promedio y ganancias por reasignación de recursos, más fuerte a nivel regional. La dinámica temporal en la reasignación de recursos ha estado liderada por procesos de profundización en la especialización sectorial, y de concentración regional y sectorial de la actividad económica. Se confirma la importancia de definir estrategias con base en sectores líderes con el fin de impulsar el desarrollo industrial de las regiones.