El presente artículo analiza el alcance y las limitaciones que la Corte Interamericana de Derechos Humanos ha establecido en el ejercicio de su competencia contenciosa frente a la obligación de investigar, juzgar y sancionar graves violaciones de derechos humanos. Este análisis está construido en el marco de la experiencia latinoamericana de transición de regímenes autoritarios hacia la democracia y de la guerra a la paz. De esta manera, se examina la jurisprudencia de la Corte Interamericana sobre comisiones de la verdad y sobre la compatibilidad entre las leyes de amnistía y la Convención Americana de Derechos Humanos. El objetivo principal del texto es indagar sobre la existencia o no de parámetros diferenciados en lo referente a situaciones de tránsito hacia la paz o de terminación negociada de un conflicto armado interno. En ese sentido, se demuestra que la Corte Interamericana tiene una aproximación diferenciada del cumplimiento de las obligaciones internacionales para los Estados inmersos en esas situaciones.