Resumen: El Instituto Europeo de Administración Pública EIPA asiste a los Estados miembros y otros agentes económicos, con su capacidad para manejar y usar los fondos estructurales. Este artículo analiza algunos de los desafíos durante la programación y ciclo de ejecución y algunas de las respuestas de buenas prácticas que han sido desarrolladas. Con la Agenda de Lisboa renovada y los nuevos lineamientos estratégicos de la comunidad en cohesión, el contexto estratégico para la programación 2007-2013 se ha modificado. A través del proceso de asignación, los fondos están ahora dirigidos a áreas específicas de gasto. Sin embargo, un método para generar estrategias y prioridades todavía tuvo que ser utilizado los nuevos programas. Casi la totalidad de los 450 programas operativos nuevos ya han sido aprobados. Es un gran desafío para los Estados miembros coordinar sus acciones de desarrollo económico y generar sinergias entre las diferentes políticas y programas. Las autoridades de gestión deben ayudar a estimular ideas para buenos proyectos y alianzas de proyecto apropiado, utilizando publicidad y campañas de información. La Comisión dependerá cada vez más de los Estados miembros que proporcionen una auditoría.